Am 18. Juli 1936 erhob sich ein gewisser General Francisco Franco gegen die Republik, was zu einem Bürgerkrieg führte, der drei Jahre lang, bis zum 1. April 1939 führte. Hier erklärte General Franco das Kriegsende und ernannte sich zum Führer Spaniens. Er führte eine lange und harte Diktatur ein, die erst mit seinem Tod am 20. November 1975 enden sollte.
Von den Vorfällen des Bürgerkriegs in Chiclana gibt es im städtischen Archiv so gut wie keine Information. Die einzigen Referenzen sind die, die von denjenigen erzählt werden, die diese Zeit erlebten.
Die 40-jährige Diktatur Francos war für Chiclana ohne Bedeutung, da durch den Entfall des Systems der II Republik (1 Person, 1 Stimme), das Leben dem in anderen Städten ähnelte.
Nach der Wunde des Bürgerkriegs (man rechnet zwischen 750000 und 1000000 Toten auf beiden Seiten), kämpften die Menschen ums Überleben und nach und nach um bessere materielle Lebensbedingungen, da jeglicher Versuch, im politischen oder gesellschaftlichen Leben teilzunehmen, durch harte Polizeikontrollen blockiert wurde.
Ein hervorstechendes Ereignis, dass das Leben in der Stadt zu jener Zeit besonders beeinflusste, war 1965 die grosse Überschwemmung, weil der Iro Fluss über seine Ufer trat. Es gab keine Opfer zu beklagen, da die Überschwemmung tagsüber passierte. Allerdings waren die materiellen Verluste sehr hoch, u.a. das Theater García Gutiérrez, das sich direkt am Flussufer befand.